门急诊楼（1号楼）

一楼：急诊内科、急诊外科、急诊预检分诊台、输液中心、急诊留观室、EICU（重症监护科）、放射科（普通摄片、CT）
二楼：门急诊挂号收费处、草药房、门急诊药房、门急诊化验室、一站式服务台、门诊办公室、预防保健科、儿科门诊
三楼：内分泌病科、糖尿病专科、风湿病门诊、肺病科（呼吸内科）、脑病科（神经内科）、脾胃病科（消化内科）、肾病科（肾内科）、心血管病科、心理咨询门诊、B超室、心电图室、普外科、激光外科、挂号收费处
四楼：妇科、产科、泌尿外科、神经外科、肾病科、疼痛科、针刀门诊
五楼（钟山馆）：瘰疬科、骨科（骨伤科、骨痨科）、针灸科、推拿科、康复科、减重门诊、皮肤科、肛肠科、江苏省外治法研究中心
六楼：眼科、耳鼻咽喉科、口腔科
七楼（紫金馆）：治未病科、治未病专家门诊、中西医结合体检中心、老年病科、脉管病科、音乐疗法门诊、养生康复门诊、亚健康专家门诊、膏方门诊、运动与保健门诊、食疗门诊

儿童中心楼(2号楼）

一楼：儿科病房、儿内科急诊、儿童输液大厅、儿科特色治疗室、儿科病房
二楼：儿科中医外治专区、儿童“冬病夏治”、“冬病冬治”治疗室
三楼：医务处、总值班室、120分站值班室

医技楼(6号楼)

一楼：核磁共振室
二楼：检验科（输血科）
三楼：病理科

综合楼(7号楼)

一楼：保卫科、医患沟通办公室、CT室、门技支部
二楼：信息中心
三楼：血透室、病人服务中心、护士长办公室
四楼：内镜中心、药学部、工会
五楼：设备科
六楼：统计室、电子阅览室

病房大楼(8号楼)

一楼：中心药房 内分泌病科、脾胃病科
二楼：心血管病科、肺病科、肾病科
三楼：骨科、泌尿外科
四楼：瘰疬科
五楼：普外科、肛肠、眼、耳鼻喉科、脑病科、神经外科
六楼：妇产科、产房、危急重症孕产妇救治中心
七楼：麻醉科、重症监护病房（ICU）、手术室

营养膳食楼(4号楼)

一楼：职工食堂、病员食堂
二楼：库房、总务科、膳食科

教学楼(5号楼)

一楼：教学中心
二楼：宿舍

行政楼/制剂楼(9号楼)

一楼：院内制剂生产车间
夹层：院内制剂仓库
二楼：消毒供应室
三楼：护理部、感染管理办公室、纪委、行风办、监察室、医保办公室、财务科、会计室、科教科、人事科
四层：多功能厅、会议中心
五层：院办（质管办）、党办（宣传办）、审计科、团委、南京中西医结合学会办公室