建科于1969年，为国家中医优势专科（外科），国家中医药管理局重点专科（外科），江苏省中医药管理局疮疡病学重点学科，江苏省级专科（中医外科）联盟以及南京都市圈淋巴结结核专科联盟牵头单位，南京市非物质文化遗产“徐氏疮疡治疗法”传承保护单位。拥有南京中医药大学疮疡临床专病研究院，南京市颈部肿块一体化服务平台。下设3个亚专科：瘰疬科、疮疡科、甲乳科。现有床位88张，设中医经典病房6间、疮疡示范病房6间、中医特色综合治疗室4间、专病门诊5个。现有医护人员51人，博导1名，硕导2名。拥有国家级师承指导老师、全国中医优秀临床人才、江苏省名中医、江苏省领军人才、江苏省“333”人才，江苏省优秀中青年中医临床人才，南京市名中医等专业人才。
中医外科以解决本领域疑难重症为要，中西并重，内外兼治，拥有13个院内制剂，疗效确切，区域外患者逾40%。每个亚专科均培育疗效显著，特色鲜明的中医优势病种：瘰疬科（淋巴结结核、坏死性淋巴结炎）；疮疡科（皮肤结核溃疡、压力性损伤）；甲乳科（甲状腺结节、肉芽肿性乳腺炎）。其中淋巴结结核（瘰疬）为国家中医药管理局“十五”重点病种，2021年被列为江苏省中医药管理局第二批中医临床优势病种。瘰疬（淋巴结结核）、席疮（压力性损伤）被首批纳入南京市医保局DRGs中医分组管理。