南京市中西医结合医院儿科是国家级中医重点专科、国家中西医协同旗舰科室建设单位，江苏省中西医结合重点专科建设单位，南京市残疾儿童定点康复医院，是目前南京城东地区中西医结合儿童诊疗中心，南京市儿童医院城东分院所在地。

科室现有儿科专业资深医师15人，康复治疗师7人。其中高级职称11人，硕士9人，博士2人，承担南京中医药大学本科生及研究生临床教学和床边教学工作，与南京儿童医院、江苏省中医院、南京中医药大学等在医、教、研方面紧密合作。

科室聘请天津中医药大学马融教授团队，成立了“岐黄学者工作室”，聘请江苏省名中医南京中医药大学韩新民教授，成立了“名中医工作室”。

科室承担各级科研项目十余项，其中南京市“十二五”重大课题项目1项。每年发表论文10余篇。

小儿呼吸道感染、小儿哮喘、小儿腺样体肥大、小儿多动抽动症、学习困难、孤独症、运动语言发育迟缓、矮小症、性早熟、小儿肥胖

小儿腺样体肥大门诊   门诊时间：周一下午

小儿学习困难、多动抽动门诊    门诊时间：周六下午

小儿哮喘专病门诊    门诊时间：周四下午、周六上午

小儿反复呼吸道感染门诊   门诊时间：周三下午

小儿生长发育干预门诊   门诊时间：周五下午

小儿运动语言发育门诊  门诊时间：周二下午

中西医协同多学科门诊   门诊时间：周一至周五 下午

科室大力推广开展中西医协同治疗儿科疾病，是现南京地区最早开设独立儿童中医治疗室的科室，采用：小儿推拿 、百会灸 、穴位贴敷 、耳穴压豆、中药药物透入疗法、中药熏洗疗法 、放血疗法 、中药香薰疗法、中药灌肠 、针刺疗法、刮痧疗法等多种传统疗法治疗儿童疾病，安全有效，深受患儿家长好评。采用中西医结合疗法在小儿常见病治疗及小儿春季促生长等方面取得良好效果，科室特色中药制剂“ 痰热浓煎剂 ”对小儿下呼吸道感染的治疗，疗效显著，已成为特色品牌。在中医“治未病”方面，科室特色膏方“小儿健脾助运膏”、“小儿益肺健脾膏”、“安神益智膏”及“冬病夏治”、“冬病冬治”等特色中医诊疗项目，经过近十年的临床检验，积累了良好的口碑，惠及城东地区广大患儿。

科室设有儿童中西医结合康复中心，是南京市残联定点单位，是江苏省儿童心理行为障碍诊疗中心诊疗协助网络单位，是与南京市孤独症儿童教育研究指导中心共建的全市首个中医类合作基地。目前儿童康复中心开设有注意力训练、孤独症个体化训练、感统训练、语言训练和团体训练等课程，并开设有蒙氏早期教育，手部精细课程等适用于注意缺陷多动障碍、学习困难、语言运动发育落后及广泛性发育障碍儿童。中心配备各类康复教学设施、设备和教具，并有小儿推拿、针灸、中药贴敷及艾灸等各类中医手段，致力服务于有康复需求的儿童。